インボイス特例の基本をわかりやすく解説｜2割・3割・少額特例を経営者向けに整理
杉山 晃浩
「インボイス制度は始まってから時間もたったし、うちの会社はもう対応できている」
そう思っている経営者の方も多いのではないでしょうか。
確かに、請求書へ登録番号を記載したり、取引先から受け取ったインボイスを保存したりする作業は、すでに日常業務になっています。
しかし、インボイス制度には、事業者の負担を軽くするためのさまざまな特例があります。
この特例を知らないまま経理処理を続けていると、本来よりも多く消費税を納めてしまったり、必要以上に面倒な事務作業を続けたりする可能性があります。
さらに、2026年度の税制改正では、これまでの「2割特例」だけでなく、新たな「3割特例」や、免税事業者などから仕入れた場合の控除割合の見直しも行われました。
インボイス制度は、一度対応したら終わりではありません。
制度の期限や控除割合が少しずつ変わるため、経営者や経理担当者は「今、自社にはどのルールが適用されるのか」を定期的に確認する必要があります。
今回は、インボイス特例の基本を、できるだけ専門用語を使わずにわかりやすく解説します。
そもそもインボイスとは何なのか
インボイスとは、簡単にいえば、売手が買手に対して「この取引では、この税率で、この金額の消費税がかかっています」と伝えるための請求書や領収書です。
正式には「適格請求書」と呼ばれます。
インボイスには、主に次の内容を記載します。
- 発行した事業者の名称
- インボイスの登録番号
- 取引を行った年月日
- 商品やサービスの内容
- 税率ごとに分けた取引金額
- 適用した税率
- 税率ごとの消費税額
- 請求書を受け取る事業者の名称
コンビニや飲食店など、不特定多数のお客さまに販売する事業では、宛名を省略できる「簡易インボイス」を発行できる場合もあります。
買手側が消費税を計算するときは、原則として、受け取ったインボイスと帳簿の両方を保存しなければなりません。
なぜなら、売上げの際に預かった消費税から、仕入れや経費の際に支払った消費税を差し引くためです。
この差し引く仕組みを「仕入税額控除」といいます。
たとえば、売上げで100万円の消費税を預かり、仕入れや経費で60万円の消費税を支払っていた場合、基本的には差額の40万円を納めます。
インボイスが保存されていないと、支払った消費税を差し引けないことがあります。
ここが、インボイス制度で経営者が最も注意しなければならないところです。
小規模事業者の納税負担を軽くする「2割特例」
インボイス登録をきっかけに、それまで消費税を納める必要がなかった免税事業者が、消費税を納める課税事業者になったケースがあります。
このような小規模事業者の負担を軽くする仕組みが「2割特例」です。
2割特例を利用すると、納付する消費税額を、売上げにかかる消費税額の2割にできます。
たとえば、売上げで預かった消費税が100万円だった場合、納付税額は原則として20万円です。
実際の仕入れや経費にかかった消費税を一つずつ集計しなくても、売上げにかかる消費税額を基に計算できるため、納税負担だけでなく事務負担も軽くなります。
ただし、すべての事業者が利用できるわけではありません。
主な対象は、インボイス登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった事業者です。
基準期間、原則として2年前の課税売上高が1,000万円を超えている場合などは、対象になりません。
また、2割特例が適用されるのは、2023年10月1日から2026年9月30日までの日を含む課税期間です。
個人事業者は、原則として2026年分の消費税申告まで利用できる可能性があります。
法人の場合は決算月によって対象となる課税期間が異なるため、「2026年中だから使える」と単純に判断してはいけません。
決算期と適用期限を顧問税理士などに確認することが大切です。
2割特例の後に始まる「3割特例」
2026年度の税制改正により、2割特例の終了後、小規模な個人事業者を対象とした「3割特例」が設けられました。
3割特例を利用すると、納付する消費税額を、売上げにかかる消費税額の3割にできます。
売上げにかかる消費税額が100万円なら、納付税額は原則として30万円です。
対象となるのは、主に2027年分と2028年分の消費税申告を行う小規模な個人事業者です。
ここで特に注意したいのは、法人は3割特例を利用できないことです。
2割特例は個人事業者と法人の双方が対象になり得ましたが、3割特例は個人事業者に限定されています。
個人事業者であっても、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える場合や、インボイス発行事業者として登録していない場合などは対象になりません。
また、業種や仕入れの状況によっては、3割特例よりも簡易課税制度を使った方が有利になる場合があります。
「特例があるから、そのまま使えば得だ」とは限りません。
3割特例、簡易課税、原則的な計算方法のうち、どれが自社に合っているのかを比較する必要があります。
1万円未満の仕入れに使える「少額特例」
インボイス制度が始まったことで、経理担当者には、領収書や請求書の登録番号を確認する作業が増えました。
特に、少額の取引まで一件ずつ確認するのは大きな負担です。
そこで設けられているのが「少額特例」です。
一定規模以下の事業者は、税込1万円未満の課税仕入れについて、インボイスを保存していなくても、必要事項を記載した帳簿を保存することで仕入税額控除ができます。
主な対象は、基準期間の課税売上高が1億円以下の事業者です。
基準期間の課税売上高が1億円を超えていても、特定期間の課税売上高が5,000万円以下であれば、対象になることがあります。
特定期間とは、個人事業者であれば原則として前年の1月から6月まで、法人であれば原則として前事業年度開始の日から6か月間です。
少額特例は、2029年9月30日までに行った課税仕入れが対象です。
注意したいのは、「1商品ごと」ではなく「1回の取引の合計額」で判定することです。
たとえば、6,000円の商品と5,000円の商品を同時に購入した場合、1回の取引合計額は1万1,000円です。
商品一つひとつは1万円未満ですが、取引全体では1万円以上になるため、少額特例の対象にはなりません。
また、1万5,000円の取引を7,500円ずつに分けて支払っても、取引そのものが1万5,000円であれば対象にはなりません。
振込手数料の処理にも関係する「少額な返還インボイスの交付義務免除」
取引先から売掛金が振り込まれる際、振込手数料を差し引かれることがあります。
たとえば、請求額が10万円で、振込手数料440円を差し引いた9万9,560円が入金されたケースです。
会社が差し引かれた440円を売上値引きとして処理する場合、本来であれば、売上げの減額に関する「返還インボイス」を発行することが問題になります。
しかし、税込1万円未満の値引き、返品、割戻しなどについては、返還インボイスを交付する必要がありません。
この取扱いは、事業者の規模に関係なく利用できます。
また、現時点では適用期限も設けられていません。
そのため、振込手数料相当額を売上値引きとして処理している会社にとっては、事務負担を軽くできる重要な制度です。
ただし、振込手数料を売上値引きとして処理するのか、支払手数料として処理するのかによって取扱いが変わる可能性があります。
会社ごとに処理方法を統一し、顧問税理士や経理担当者と認識を合わせておきましょう。
免税事業者からの仕入れは控除割合が変わる
インボイスを発行できるのは、税務署へ登録したインボイス発行事業者だけです。
取引先が免税事業者などでインボイスを発行できない場合、買手側は原則として、その取引で支払った消費税を仕入税額控除できません。
ただし、急に全額を控除できなくなると取引への影響が大きいため、段階的な経過措置が設けられています。
2026年度の税制改正後の控除割合は、次のようになります。
- 2026年9月30日までの仕入れ：80％
- 2026年10月1日から2028年9月30日まで：70％
- 2028年10月1日から2030年9月30日まで：50％
- 2030年10月1日から2031年9月30日まで：30％
- 2031年10月1日以後：原則として控除不可
つまり、同じ免税事業者との取引を続けていても、取引日によって差し引ける消費税額が変わります。
経理ソフトの設定が古いままだったり、取引先がインボイス登録事業者なのか免税事業者なのかを区別していなかったりすると、消費税の計算を間違えるおそれがあります。
免税事業者との取引をすぐにやめるべき、という話ではありません。
取引価格、品質、技術力、これまでの関係など、取引を判断する要素は消費税だけではないからです。
大切なのは、経営者が控除割合の変化を理解したうえで、取引条件や原価への影響を把握することです。
クレジットカードの利用明細だけで安心していませんか
会社でクレジットカードを使っている場合にも注意が必要です。
クレジットカード会社が発行する利用明細は、一般的にはインボイスに必要な事項をすべて満たしていません。
そのため、カード利用明細だけを保存していても、仕入税額控除が認められないことがあります。
原則として、実際に商品やサービスを販売した店舗や事業者から、領収書や電子インボイスを受け取り、保存する必要があります。
ネット通販やオンラインサービスでは、領収書が自動的に送られてこないこともあります。
購入履歴や会員ページから自分でダウンロードしなければならないケースも少なくありません。
一方、少額特例、公共交通機関の特例、出張旅費の特例などに該当する場合は、インボイスの保存が不要になることがあります。
「カード明細があれば全部大丈夫」「カード明細では全部ダメ」という単純な話ではありません。
会社の経費精算ルールに、領収書や電子インボイスの保存方法まで入れておく必要があります。
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ここまで読んで、
「結局、うちの会社はどの特例を使えるのだろう」
「経理担当者に任せたままで大丈夫だろうか」
と不安になった方もいると思います。
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- 2割特例
- 3割特例
- 少額特例
- 少額な返還インボイスの交付義務免除
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インボイス対応は「経理担当者だけの問題」ではありません
インボイス制度は、請求書の書き方だけの問題ではありません。
納税額、仕入価格、利益、取引先との関係、経理担当者の負担など、会社経営のさまざまな部分に影響します。
特例を正しく使えば、納税負担や事務負担を軽くできる可能性があります。
反対に、期限や条件を勘違いすると、後から修正申告が必要になったり、本来受けられた控除を受けられなかったりするかもしれません。
特に2026年10月以後は、2割特例の終了や、免税事業者等からの仕入れに関する控除割合の変更が始まります。
「会計ソフトが計算してくれるから大丈夫」と考えず、設定や取引先情報が正しいかを確認してください。
まずは今回の判定シートを使い、自社が関係しそうな特例を整理しましょう。
その結果を顧問税理士などへ見せれば、相談も進めやすくなります。
オフィススギヤマグループでは、経営、人事労務、各種制度整備に関するご相談を受け付けています。
インボイス制度を含む税務の最終判断については、必要に応じて税理士などの専門家と連携しながら対応することが大切です。
制度が難しいからと放置するのではなく、まずは「自社に関係する特例は何か」を知るところから始めてみてください。
※本記事は、2026年8月29日現在の法令・国税庁公表資料を基に、インボイス制度の一般的な内容をわかりやすく整理したものです。個別の適用判断や消費税額の計算については、顧問税理士または所轄税務署へご確認ください。